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Questa regione, popolata in origine da genti sia illiriche che greche (fondazione di Taranto), comprendeva anticamente il territorio dell'attuale Puglia, l'Apulia e la Calabria.

I Romani, che invasero la regione nel corso delle guerre contro i Sanniti e contro Pirro (sec. IV-III a.C.), vi fondarono diverse colonie, come Luceria (Lucera), Venusia (Venosa) e Brundisium (Brindisi).

Nonostante le diverse rivolte delle popolazioni locali, la regione fu integrata, nel riordinamento augusteo, nella II regione, detta Apulia e Calabria. Economicamente florida, sia per l'agricoltura che per i commerci, grazie soprattutto alla sua posizione strategica tra l'Oriente e Roma, a cui la regione era collegata dalla Via Appia, la Puglia godette in epoca romana di una grande importanza.

Con la diffusione del cristianesimo, tra il III e il IV secolo, in Puglia vennero fondate diverse diocesi, divenute presto dipendenti da Costantinopoli. Nonostante le invasioni barbariche del V secolo, però, il governo bizantino non fu intaccato e non venne alterata l'opera di pesante fiscalizzazione iniziata dall'Impero d'Oriente.

Tra il VII e il IX sec., però, la regione fu attaccata da Longobardi, Franchi (Lucera, 802) e Saraceni, che, gradualmente, occuparono le località principali della regione, lasciando a Bisanzio solo il Salento (con Otranto e Gallipoli).

I Longobardi occuparono il Gargano, Canosa e poi Brindisi (633), Taranto, Bari etc…, mentre i Saraceni, che avevano iniziato col colpire le coste, verso metà del IX secolo, iniziarono a sostituirsi ai Longobardi, finché quasi tutta la regione si ritrovò unificata sotto uno stesso potere. Solo Bari, che diventò sede di un emirato, destreggiandosi fra Greci, Longobardi, Franchi, Saraceni e a volte con l'aiuto dei Veneziani (1002), riuscì a mantenere una certa autonomia. Nel IX sec., invece, con la ripresa dell'Impero d'Oriente, Bari, Taranto e gli altri porti tornarono bizantini, e, la regione si risollevò. Lecce divenne un importante centro culturale e religioso, ed aumentarono i traffici con l'Oriente bizantino e musulmano.

Ma presto le città maturarono, evolvendosi in comuni autonomi, e si organizzarono contro Bisanzio. Il nobile Melo di Bari divenne il capo delle rivolte e, grazie all'alleanza con Enrico II, tenne testa ai Bizantini, dal 1009 al 1016, appoggiandosi alle città di Trani, Bitetto, Bitonto e Bari.

Nella seconda fase dell'insurrezione (1017-1018), Melo si servì anche di mercenari normanni, e, per alcuni anni, la regione fu in preda a lotte intestine. Il periodo dei tumulti si concluse dopo la clamorosa sconfitta di papa Leone IX a Civitate (1053), e con la vittoria degli Altavilla. Così Roberto il Guiscardo, nel 1059, diventò duca di Puglia e di Calabria e, nel 1071, conquistò Bari e Brindisi realizzando l'unificazione territoriale della regione.

Dall'XI sec., gli Altavilla ebbero il riconoscimento dell'imperatore Enrico III e del papa Leone IX. La storia della regione si confonde allora con quella generale del Regno di Sicilia e Puglia, costituitosi nel 1130, e fu testimone di un importante progresso materiale e culturale, con il miglioramento dell'istruzione, la costruzione di porti, cattedrali (es. Bitonto), fortezze e cinte murarie urbane.

La Puglia subì un ulteriore sviluppo civile sotto Guglielmo II che, tenendo buoni rapporti con Venezia, agevolò i mercanti pugliesi e con Federico II. Dal 1264 al 1435 (morte di Giovanna II), la Puglia sentì la dominazione angioina, subendo, come le altre province conquistate, un pesante contraccolpo. I principali mali che afflissero il paese furono il dilagare dell'anarchia e una sensibile diminuzione dei commerci. Poiché, anche se gli Angioini riuscirono a mantenere il controllo della via di Bisanzio, i commerci furono pian piano monopolizzati da mercanti stranieri, e la repubblica di Venezia, che già nel XII sec. aveva messo piede in Puglia, divenne sempre più attiva nella regione sia con appalti di dogane e privilegi sia finanziariamente.

Ancora di più sotto gli Aragonesi (1442-1503), si aggravò il processo di feudalizzazione della regione, e si manifestarono i fenomeni del latifondismo, del disordine giudiziario e amministrativo, e della perdita della sicurezza privata. Otranto, Trani e il principato di Taranto costituirono delle formazioni indipendenti dalla Corona, con l'apporto di alcune potenti famiglie feudali (i Caldora, i Caracciolo di Martina, i Brienne, gli Orsini di Gravina e Solofra, i Pignatelli e altre).

Qualche miglioramento si ebbe con il re Ferdinando I (1458-1494), ma la regione subì comunque nuove scorrerie dei Turchi e pesanti ripercussioni della guerra di Ferrara, e Bari, dal 1464, divenne possedimento della famiglia Sforza.

L'occupazione francese (1495), quella veneziana e quella franco spagnola (1501), inoltre, causarono forti conflitti interni alla regione (la disfida di Barletta, la battaglia di Cerignola (1503)). Solo con la pace di Cambrai o delle Due dame (1529) i Francesi ed i veneziani abbandonarono la regione e durante la dominazione spagnola la regione non subì gravi attacchi esterni, ma si aggravarono le condizioni interne, poiché molti porti vennero abbandonati o insabbiati, come Brindisi, alcune coste si impaludarono, l'agricoltura regredì ed i commerci diminuirono sensibilmente.

Fu la dominazione borbonica del XVIII secolo, ad apportare finalmente qualche miglioramento, con la costruzione di strade, porti etc.., e le riforme del periodo napoleonico (1806-1815), in particolare l'abolizione della feudalità, la ristrutturazione dei latifondi e delle terre pubbliche e diversi miglioramenti in campo giudiziario.

Durante la Restaurazione, però, il governo borbonico non seppe reagire efficacemente al brigantaggio, ne derivò un intensa attività settaria (massoni, carbonari ), che sfociò nel moto del 1820 e, dopo la diffusione della "Giovine Italia", nei moti del 1848.

Con la caduta dei Borboni la Puglia fu annessa al regno d'Italia (1860) e fu divisa nelle province di Bari, Foggia e Lecce, corrispondenti alle antiche denominazioni storiche di Terra di Bari, Capitanata e Terra d'Otranto. A queste si sono aggiunte, più tardi, anche Taranto e Brindisi.